随着国家对科技投入的增加，大型综合公立医院的科研经费也呈上升趋势，由于公立医院主营业务是医疗活动，科研经费的管理相对被弱化，加之近几年在审计检查中，科研经费存在的问题屡屡被曝光，所以加强公立医院科研经费管理，完善相关制度已刻不容缓。针对公立医院科研经费管理现状以及当前存在的问题和挑战，提出应对措施。